1. Как включить в перечень "Application Files" дополнительные файлы. Например, есть пара сборок, на которые проект явно не ссылается, т.к. он поднимает эти сборки динамически (это "плагины"). В итоге эти сборки НЕ попадают в перечень. И как их туда добавить - непонятно; никаких кнопок там нет.

2. Куда (в какую локальную папку) разворачивается моё приложение.

3. EXE-шник ожидает, что в его папке окажется подпапка с именем "PlugIns", в которой будет лежать часть развёрнутых сборок. Непонятно, как дать ClickOnce'у указание на этот счёт. Т.е., насколько я понимаю, ClickOnce копирует все Application Files в одну локальную папку (непонятно какую); в т.ч. туда попадают и сборки с плагинами, которые должны, по идее, очутиться уровнем ниже (в подпапке "PlugIns").

4. Как задать pre-/post-setup options (типа "View License", "Show ReadMe" и т.п.).

5. Как задать post-setup actions (типа установки шрифтов, регистрации COM'ов и т.п.).

6. Как управлять созданием ярлыков.

Так и тянет вернуться к старой доброй InnoSetup...

1: Add --> Add Existing item... --> <select assembly> --> "Add As Link".

2: ClickOnce Cache. И никуда больше.

3: Если линк, созданный по рецепту из п.1, лежит внутри некоей папки, то эта папка будет создана и при разворачивании приложения.

4..6: НИКАК. См. ClickOnce and Windows Installer Comparison Table на странице http://msdn2.microsoft.com/en-us/vbasic/ms789088.aspx.