Нет такой настройки. В неуправляемый код можно откомпилировать только программу на C++. C# и VB.NET всегда компилируются в IL код. Единственное, можно с помощью утилиты ngen создать образ программы откомпилированной в неуправляемый код, но получаемый файл размещается в скрытой папке и его нельзя запустить напрямую. Применение ngen позволяет просто избежать накладных расходов на JIT-компиляцию, не более того.